مسایل عمده اخلاقی رایج در انتشارات علمی (Ethical problems in publications) بر چند نوع زیر است:
Plagiarism
سرقت علمی یا ادبی که معمول‌ترین نوع از این دست مسایل به شمار می‌رود و بواسطه کلیت و گستردگی، دیگر مسایل را نیز دربرمی‌گیرد. این مسئله که از ریشه لاتین بچه‌دزدی (plagiarius) و ریشه یونانی کش‌‌رفتن (plagion) ناشی می‌شود، به کپی‌برداری کلی یا جزیی (در حد مفهوم، جمله، پاراگراف) از ایده‌ها، مطالب نوشتاری یا شفاهی (نطق‌ها و سخنرانی‌ها)، فرمت، سبک و روش کار، اختراع، ابداع، یافته‌های تحقیقاتی و هر گونه دارایی فکری دیگران به منظور نفع شخصی بدون استناددهی اصولی و رعایت حقوق مالکیت فکری و معنوی صاحب / صاحبان اصلی اثر اطلاق می‌شود. البته معیارهای بروز چنین مسئله‌ای متفاوت است. برای نمونه برخی کپی‌برداری ۱۱ کلمه پشت‌سرهم و برخی دیگر ۳۰ حرف پشت‌سرهم را مصداق سرقت علمی بیان نموده‌اند. در این خصوص مفهوم دیگری نیز رایج شده است با عنوان( Self-plagiarism Self-Stealer) که عبارت است از استفاده مجدد یا نقل بخشی از مطالب خویش بدون استناد به رفرنس اصلی.
Redundant publication
این مسئله زمانی بروز می‌یابد که دو مقاله در بخش‌هایی با هم مشابه باشند یا بخش‌هایی از مقاله نظیر مقدمه، فرضیات، روش‌شناسی، یافته‌ها، بحث و غیره در دو مقاله تکرار شود. این مسئله خود بر دو نوع است:
الف) Duplicate publication: تکرار کل یا بخش‌هایی از یک مقاله در مقاله‌ای دیگر. ارایه یک مقاله پیشتر ارایه شده در همایش با ذکر مشخصات همایش به یک مجله مشکل ساز نیست. همچنان اجازه از ویراستاران یا صاحب اثر، نظیر مدیر مسئول مجلات یا انتشارات برای چاپ نسخه تجدیدنظر شده یا پیشین یک مقاله ضروری است. برای نمونه چاپ یک مقاله به عنوان فصلی از یک کتاب، نیازمند استناددهی (citation) به آن مجله و کسب اجازه از مدیر آن مجله است که صاحب رسمی امتیاز مقاله پس از انتشار در آن مجله به شمار می‌رود.
ب)Salami publication : قطعه قطعه کردن یافته‌های یک مطالعه چندمولفه‌ای، به گونه‌ای که یافته‌های هر بخش از موضوع مورد مطالعه (برای نمونه هر یک از تیمارهای چندگانه، سازه‌های تاثیرگذاری یا ابعاد پایداری توسعه کشاورزی) در مقاله‌ای جداگانه وارد شود و به عبارتی یافته‌های یک مطالعه واحد به چندین مقاله شکسته شود. البته، تفکیک منطقی هر بخش از موضوع و عدم شباهت دیگر بخش‌های مقاله، در مطالعاتی که وسیع هستند، به نظر مشکل‌ساز نمی‌رسد.
Fabrication/falsification
که اولی (Fabrication) به معنای داده‌سازی و دیگری (falsification) به معنای یافته‌سازی یا نتیجه‌گیری و تفسیر نتایج ساختگی به صورت دلخواه است.
الف) Gift authorship (اعطای نویسندگی یا هدیه نوشتاری): درج نام یک فرد به عنوان نویسنده در مقاله یا کتاب در حالی که ویژگی‌های یک نویسنده به عنوان فرد دارای مشارکت فکری عمده (substantive intellectual contributions ) در مطالعه منتشر شده ( نظیر استارت زدن کار، طراحی مطالعه، گردآوری، تحلیل و تفسیر داده‌ها، تهیه نسخه اولیه مقاله یا بازنگری اساسی آن و تصویب و تایید نهایی نسخه تهیه شده برای انتشار) را ندارد. صرفا با گردآوری داده‌ها (پرسشگری)، تامین منابع و یا سرپرستی کلی گروه تحقیق یک فرد شایسته نام نویسندگی نمی‌شود. در چنین مواردی از افرادی که کمک فنی یا مالی، ویراستاری ادبی و نگارشی، حمایت‌های عمومی ارایه نموده‌اند یا مدیران گروه‌ها، بخش‌های اداری و موسسات ذیربط می‌توان در بخش قدردانی (acknowledgments) به طور مقتضی و متناسب با رویه مجله، سپاسگذاری نمود و صحیح نیست که نام آنها به عنوان نویسنده درج شود.
ب) Ghost authorship: عدم درج نام فردی که مشخصات نویسندگی در یک اثر را دارد و به عبارتی عدم درجه نام فردی که مشارکت عمده فکری (به اشکال فوق‌الذکر) در تحقیق داشته است.
تضاد منافع conflict of interest
مبین وضعیتی است که منافع شخصی یا اقتصادی بر گزارش‌دهی اصولی و دقیق و شفاف یافته‌های تحقیق ارجیحت می‌یابد و فقط به گزارش گزینشی یافته‌های مورد دلخواه بسنده می‌شود و از بیان یافته‌های چالش‌برانگیز و نابسود (به لحاظ شخصی، حرفه‌ای یا اقتصادی) پرهیز می‌شود. برای نمونه عدم ذکر تاثیرگذاری منفی فعالیت‌‌های ترویجی در یک منطقه و یا اثرات زیست‌محیطی زیانبار یک گونه جدید زراعی!
